Cinco hombres, rehenes en Richmond durante la Guerra Civil Estadounidense, encuentran la forma de escapar gracias a un globo aerostático que estaba destinado a Jonathan Forster y que no partió debido a un huracán. Junto al perro Top parten hacia el sur el 23 de marzo de 1865. Pero el huracán no les permite bajar y quedan suspendidos por cinco días en el cielo, hasta que el globo se queda sin aire y caen en la playa de un islote, muy cercano a una isla más grande.

Cyrus Smith desaparece poco antes de llegar, y los intentos de encontrarlo no dan resultados. Pencroff y Harbert se convierten en cazadores, y Nab, único personaje negro, es el cocinero. El 27 de marzo, Gedeón Spillet encuentra al perro Top, el cual lo lleva a buscar a Smith, quien sigue vivo. Logran reanimarlo y lo llevan a su refugio provisional, conocido como Las Chimeneas.

Cyrus Smith, con sus enciclopédicos conocimientos, desde un principio posibilita la supervivencia inicial de sus compañeros en un entorno hostil, llegando a modificar el modo de vida del resto de los habitantes de la isla hasta procurar una estancia casi urbana para sus compañeros gracias a sus conocimientos en el campo de la física, la agricultura y la química. El 29 de marzo, Smith y los demás suben al monte más alto del lugar y descubren que están en una isla de gran tamaño, fértil en su mayor parte, a la que llaman Isla de Lincoln. El grupo da nombre a los lugares importantes y al monte.

Después de muchos esfuerzos, Smith determina la posición de la isla, y con sus compañeros consigue hacer fuego.Durante su estancia en la isla son vigilados, sin saberlo, por una fuerza casi sobrehumana que habita en las entrañas de la isla.